Podczas rozgrywki ponownie wcielamy się w Altaira. Znów trafiamy do czasów Trzeciej Krucjaty, lecz tym razem akcja gry przenosi nas jeszcze dalej w przeszłość. W tamtym okresie młody zabójca nie jest jeszcze członkiem żadnego bractwa. Zadaniem gracza jest odnalezienie sekretnego obiektu, który ponoć ma moc zakończenia wojen nękających Ziemię Świętą. Fabuła pozwala nam poznać więcej szczegółów z historii Altaira. Miłośnicy białego zabójcy znajdą tu wiele smaczków nawiązujących do pierwotnej gry. Podczas przygód zwiedzimy cztery różnorodne miasta.