Gracz wciela się w postać młodego trenera Pokémonów z miasteczka Pallet i wybiera jednego z trzech startowych stworków od profesora Oak'a: Bulbasaura (roślinny), Charmandera (ognisty), bądź Squirtle'a (wodny). W czasie wędrówki po krainie Kanto łapie nowe Pokémony, stacza walki z głównym rywalem – wnukiem prof. Oak'a oraz innymi trenerami. Walczy także ze złym zespołem R. Może spotkać także cztery potężne legendarne Pokémony: Articuno, Zapdosa, Moltresa i Mewtwo. Podróżując zdobywa odznaki od pokonanych liderów sal na których stacza się walki, aby uzyskać wstęp na równinę Indygo, gdzie rozgrywane są mistrzostwa walk Pokémon. Musi zmierzyć się tam z Elitarną Czwórką i Lance'em – zwycięzcą poprzednich mistrzostw. Celem gry oprócz zdobycia tytułu Mistrza Pokémon jest skompletowanie Pokedéxu, czyli schwytanie wszystkich 150 gatunków Pokémonów (nie jest to możliwe bez wymiany Pokémonów z innymi graczami, posiadającymi inne wersje gier Pokémon