Gra podzielona jest na sześć epizodów, które można rozgrywać w dowolnej kolejności. Oprócz wymienionej w oficjalnej fabule operacji „Eisenfaust”, Blazkowicz będzie musiał wykonać także inne zadania – pierwsze i najważniejsze to wydostać się z więzienia i tytułowej twierdzy Wolfenstein. Do dyspozycji komandosa oddano arsenał czterech narzędzi zagłady: nóż (skuteczny właściwie tylko przeciwko psom) oraz trzy rodzaje broni palnej – wszystkie korzystające z tej samej amunicji. Siłę ognia będzie można wypróbować na całkiem pokaźnej liczbie przeciwników, pośród których najczęściej przewijają się regularni żołnierze. Na końcu każdego epizodu czeka boss, którego eksterminacja wymaga większej ilości strzelania. Nie są oni jednak specjalnie trudni, jeśli oczywiście stosuje się uniki.